Malaysia có 15500 loài thực vật bậc cao, 746 loài chim, 379 loài bò sát, 198 loài lưỡng cư và 368 loài cá.[3] Ngoài ra còn có 286 loài động vật có vú ở Malaysia, trong đó có 27 loài đặc hữu và 51 loài đang bị đe dọa. Một số động vật có vú được tìm thấy ở cả bán đảo Malaysia và Borneo ở Malaysia. Trước đây có 193 loài động vật có vú, trong khi bây giờ có 215 loài. Trong số các động vật có vú có nguồn gốc từ Malaysia bao gồm voi châu Á, hổ Đông Dương, mèo beo và lợn bụng. Các loài có nguy cơ tuyệt chủng bao gồm đười ươi, hổ, voi châu Á, heo vòi Mã Lai, tê giác Tô Môn Đáp Tịch (Sumatravà), con dơi móng ngựa tròn Tân Gia Pha (Singapore). Các khu rừng lá rộng ẩm nhiệt đới của bán đảo Malaysia bao gồm 450 loài chim và hơn 6000 loài cây khác nhau, trong đó 1000 loài thực vật bậc cao được tìm thấy tự nhiên trong các núi đá vôi.[8] Các khu rừng nhiệt đới Đông Malaysia là rậm rạp hơn, với hơn 400 loài cây họ dầu cao và gỗ bán cứng.[1]

Hoa quốc gia của Malaysia là Dâm bụt, một loại cây thường xanh được đưa vào bán đảo Mã Lai vào thế kỷ XII. Hoa vua cũng được tìm thấy rộng rãi trong cả nước.

Đài nguyên và sự sở hữu đất

Có nhiều vùng sinh thái khác nhau ở Mã Lai với mức độ phổ biến khác nhau. Những khu rừng lớn chiếm 45% tổng diện tích sinh thái của cả nước, rừng bị gián đoạn chiếm 33%, những khu vực đầm lầy lớn chiếm 3%, cỏ và cây bụi chiếm 2% trong khi các vùng thủy sản ven biển khác chiếm 8% diện tích đất liền của đất nước.[9] Malaysia có nhiều vườn quốc gia, mặc dù hầu hết trong số đó là thực tế là những công viên này chịu sự kiểm soát của tiểu bang. Vườn quốc gia Đại Hán Sơn (Taman Negara) ở trung tâm bán đảo Mã Lai là 130 triệu năm tuổi, làm cho nó một trong những khu rừng nhiệt đới lâu đời nhất trên thế giới.[3]

Khoảng 41% diện tích đất được phân loại là "can thiệp con người thấp", 19% được phân loại là "can thiệp con người trung bình" và 40% thuộc loại "can thiệp con người cao". 2,7% đất được bảo vệ hoàn toàn, 1,77% được bảo vệ một phần và 4,47% được bảo vệ hoàn toàn hoặc một phần.[10]